膜过滤法是目前最广泛接受的一种对微生物的测量方法。微生物过滤漏斗可以直接通过生长出的菌落的形态判断微生物的种类。不过膜过滤法也会有一些劣势，
1.培养时间过长，一般的膜过滤法培养时间需要3-5天，视微生物的种类而定，较为耗时
2.一般法规和行业的标准均会固定培养基的配方，培养的时间和温度等参数，这难免不适用于所有的微生物种群，以导致有可能某些微生物无法被培养出来从而漏检。
3.一些微生物如（vbnc）是一类特殊的微生物，他们无法使用正常的方法培养出来。休眠类的孢子，也无法通过正常的方式培养出来。
4.膜过滤法使用的是菌落数作为计数单位，但是菌落是是一个相对的概念，无法直接反应出的微生物的实际数量。
5.膜过滤法是一种离线培养方式，涉及到取样等很多人为操作，受污染的风险高，假阳性结果的风险也很高。
梅特勒-托利多在线微生物分析仪采用激光诱导荧光的检测原理进行微生物的在线监测，可以精确到每个微生物，且无需耗材试剂，无需培养，实时读取数据，在线安装杜绝取样污染，降低风险。
